È un comune giovane creato nel 1975 dopo essersi separato da Montecastrilli. L'abitato sorge sul colle di San Rocco e, in base al caratteristico reticolo delle vie, probabilmente è nato da un accampamento dell'esercito romano. Il luogo però fu abitato fin dall'antichità. Infatti il territorio era attraversato dall'Antica via Amerina e pertanto costituiva un importante nodo stradale e ne sono testimonianza un'iscrizione in caratteri osco-umbri, ritrovata in località Le Coste - I Trocchi e numerose grotti artificiali scavate nella stessa zona. Il sorgere dell'insediamento fu favorito anche dalla fertilità del suolo (olivi e viti) e dalla ricchezza del manto boschivo. Il nome, molto probabilmente, deriva dalla Gens Avil(l)ia e a testimonianza ci sono delle iscrizioni citate dall'Alvi. Quando l'intera penisola italiana subì l'invasione dei Longobardi, Avigliano rimase in mano ai Romano -Bizantini, perché il suo territorio era parte integrante di quello stretto lembo di terra tra il Ducato di Spoleto ed il Ducato della Tuscia, chiamato "Corridoio Bizantino". Questo costituiva l'unico percorso che permetteva, in quel periodo, il collegamento tra Roma, Ravenna e quindi il nord Italia e il nord Europa. Le prime notizie storiche scritte, risalgono al 1074 e si riferiscono ad un documento del vescovo di Todi (tale Gorodolfo o Rodolfo) che consacrò l'altare maggiore della chiesa di Santa Maria in Foris, situata fuori dalle mura castellane. Successivamente Avigliano fece parte dei territori dati in feudo all'Abbazia di Farfa dagli imperatori tedeschi e da alcuni documenti del Regesto dell'Abbazia, datati 1112, risulta "sito nel Comune di Todi". A causa del suo desiderio di autonomia, nel 1237 Avigliano venne distrutto dal potente esercito todino, che uccise anche gran parte dei suoi abitanti. Solo due secoli più tardi la città tuderte fu costretta dal papa a ricostruire le mura perimetrali. La posizione strategica del castello era molto importante, perché si trovava a metà strada tra Amelia e Todi e per evitare altre ribellioni, nel 1294 la città di Todi, togliendo ad Avigliano parte del suo territorio, costruì nelle vicinanze un suo castello (Castel dell'Aquila), dove acquartierò le sue milizie, per controllare sia l'importante via di transito, che la riottosa Avigliano. Il percorso dell'Antica via Amerina, che transitando per la Mestaiola di Civitella Mogliemala giungeva fino a Todi, è ancora oggi percorribile a piedi ma, dal XIX secolo, è stato sostituito dalla Sismanese - che, partendo da Avigliano e transitando per Dunarobba e Sismano, giunge fino a Todi all'altezza di Porta Amerina.